Historia ninja jest ściśle związana z prefekturą Mie w południowej Japonii, gdzie małe muzeum poświęcone jest ich historii i sztuce. Muzeum znajduje się w pobliżu Zamku Iga Ueno, a jego członkowie celebrują niewidzialność i umiejętności ninja dzięki artefaktom, sekretnym pasażom i pułapkom oraz praktycznym pokazom.
Historia ninja jest zachmurzona od stuleci mitologią, ale wydaje się, że utrwaliła się podczas okresu politycznego zamieszek Sengoku lub Warring States, który rozpoczął się w połowie XV wieku.
Gdzieś pomiędzy szpiegiem a najemnikiem, ninja (słowo to jest w liczbie pojedynczej i mnogiej) używał specjalistycznych umiejętności do zbierania tajnych informacji i wykonywania zabójstw w imieniu feudalnych panów. Ninja byli pod wieloma względami przeciwieństwem samurajów, którzy walczyli otwarcie i żyli w bardzo uporządkowanym życiu skupionym wokół rytuałów. Pochodzący z najniższych, najbardziej “niewidzialnych” klas społecznych, ninja opracował własne metody tajności, błędnego kierowania i szpiegostwa. “Ninjitsu” opisuje zarówno fizyczne umiejętności szpiegowania i przetrwania, jak i filozofię ninja.
Muzeum podzielone jest na sekcje poświęcone różnym elementom wiedzy i historii ninja. Dom Ninja to modelowy dom pełen pułapek, ukrytych schodów i ukrytych dróg ucieczki. Inne obszary to demonstracje umiejętności i eksponatów miscellany ninja, takich jak shuriken (gwiazdki do rzucania), miecze, tajne kody i oczywiście sklep z pamiątkami ninja.